Le hérisson est un animal semi-nocturne. Son organe sensoriel le plus développé est l'odorat, mais il possède également une ouïe très fine. Il passe la journée dans un gîte qu'il aménage avec des feuilles, ou sous un buisson, et n'effectue que de rares sorties diurnes, mais dès le crépuscule, il part à la chasse.

Dans la nature, c'est un animal solitaire qui n'a pas de territoire. La sécrétion de la glande temporale permettrait aux hérissons de s'éviter mutuellement. On a donc rarement observé dans la nature de comportement agressif entre les hérissons. Il arrive rarement qu'un mâle et une femelle occupent temporairement un même nid. En captivité, ils forment des groupes très hiérarchisés avec des mâles agressifs.

L'espace vital d'individu est variable selon la saison et l'habitat. Normalement, un mâle a besoin de 40-100 hectares, une femelle de 5-12 hectares. La nuit, il se déplace sur 0,5-25 hectares pour le mâle et 0,5-10 hectares pour la femelle. Les domaines de différents individus se chevauchent mais les risques de rencontre sont peut-être réduits car les hérissons s'évitent. Vitesse moyenne de déplacement : 3 mêtres/minute, parfois accélérations sur 30-40 mètres.

D'une allure hésitante, il s'arrête souvent pour humer l'air. Inquiété, il lance des cris de cochon, menacé, il se roule en boule. Lorsqu'il se nourrit, le hérisson souffle et grogne et mastique bruyamment. Il gratte nerveusement le sol en envoyant de la terre à plusieurs mètres. En fouillant parmi les feuilles, il renifle bruyamment. Parfois on l'entend caqueter lors des moments de grande excitation. Les jeunes hérissons à la recherche de leur mère émettent un sifflement.

Le hérisson dispose d'une technique de défense unique chez les mammifères. Lorsqu'il se sent en danger, le hérisson se roule en boule. Mais il ne le fait qu'en cas de réel danger, car il n'adopte cette position défensive extrême qu'en cas d'attaque (en général, il ne s'enroule pas et préfère se sauver à toutes pattes) ou si on le ramasse. Sa première réaction face au danger est d'abord de rentrer les épaules, de baisser la tête et de ramener ses piquants sur le front pour se protéger la tête.

Ce phénomène est commandé par la contraction des muscles peauciers. Ainsi protégé, il est à l'abri des prédateurs. En se contractant, ces muscles permettent de rentrer et de protéger les pattes, la tête et la queue à l'intérieur de la boule. Il ne reste plus qu'une boule de piquants tout à fait compacte : la tête est collée contre la peau, et il ne subsiste aucune ouverture. Le hérisson peut rester dans cette position des heures, sans ressentir aucune fatigue. Les jeunes apprennent à se rouler en boule à l'age de 11 jours.

A la mauvaise saison, la nourriture du hérisson se raréfie, et devient rapidement insuffisante pour assurer ses sources d'énergie. En effet, une des activités qui consomme le plus d'énergie est la conservation de la chaleur corporelle. Le hérisson, qui est naturellement mal protégé contre le froid, renonce donc à toute tentative de lutte contre le froid pour ne pas gaspiller son énergie. Ainsi, à partir d'octobre ou de novembre, il adopte une stratégie d'hibernation pour restreindre cette déperdition calorique, dans l'attente des beaux jours et d'une nourriture plus abondante.
Ses sites d'hibernation favoris se situent en général sous un tas de bois, un tas de feuilles, sous un arbuste ou tout autre endroit à l'abri du froid et du vent, comme par exemple un tronc d'arbre creux.
Une fois qu'il a trouvé le site idéal, il s'aménage un petit nid capitonné d'herbe, de mousse et de feuilles. Ce nid est semblable à celui qu'il construit pour la reproduction en été.
Dès que la température chute en dessous de 10°, il entre en léthargie. Les mâles adultes entrent en hibernation les premiers.
Le refroidissement du corps fait économiser beaucoup d'énergie, mais cela implique que les manifestations organiques vitales, telles que la circulation, la digestion, la croissance et la respiration soient ralenties à la limite de l'immobilisation totale. Sa respiration s'arrête presque complètement et il peut s'écouler plusieurs minutes entre deux respirations. En été, il respire 40-50 fois/minute, en hibernation seulement 9 fois ; l'activité de son cœur ralentit, elle passe en été de 190 battements/minute à 20/minute en hibernation ; sa température baisse de 35° en été à 10° C ou même moins en hiver, mais reste variable selon la température extérieure. Par temps vraiment très froid, ses combustions internes sont doucement augmentées pour éviter que sa température corporelle ne tombe en dessous de 1°.

Un hérisson en hibernation se trouve dans un état de torpeur et il est donc incapable de se nourrir. Pendant l'hibernation, il puise sa source d'énergie dans des masses graisseuses qui sont stockées sous la peau, à l'intérieur du corps. Cette réserve est progressivement brûlée au long de l'hiver. À la fin de l'hibernation, les hérissons ont perdu alors 30 % de leur poids.

Pendant l'hibernation, les hérissons se réveillent brièvement de temps à autre lorsque la température devient trop basse. À chaque réveil, ils puisent dans leurs réserves énergétiques, ce qui peut leur être fatal pour passer le reste de l'hiver. Les jeunes des portées tardives ne passent pas l'hiver s'ils pèsent moins de 400 g. En fait, les réveils sont à la fois normaux et fréquents. En moyenne, le hérisson se réveille une fois par semaine. Cependant, certains peuvent rester en hibernation pendant 3 ou même 4 mois d'affilée. Lorsqu'ils se réveillent, leur température corporelle passe de 5° à 30° ou plus, en 3 ou 4 heures. Le hérisson passe ainsi un jour ou deux dans un état plutôt normal, avant de sombrer à nouveau en léthargie. Pendant ces périodes d'éveil, il peut quitter son nid pour faire une petite promenade, mais c'est assez rare. En général, il reste à l'intérieur de son nid. Ces réveils périodiques sont très spontanés, mais peuvent bien sûr survenir à la suite d'une perturbation, d'une inondation ou même d'une percée de chaleur hors saison. Le réveil définitif se fait au printemps, vers les mois de mars ou d'avril, quelles que soient les conditions climatiques.